Jádrem sítě Evropské půdní aliance a jejími úhelnými kameny jsou její členové. V jednotlivých zemích jsou členové koordinováni skrze národním koordinační středisko. Evropská kancelář celé organizace sídlí v německém městě Osnabrück, odkud koordinuje celou síť Půdní aliance na mezinárodní úrovni.

Členové Půdní aliance se setkávají minimálně jedenkrát ročně na Valném shromáždění, které se koná vždy na jiném místě (během výročního zasedání). Během jeho konání je představena zpráva o činnosti za uplynulý rok a naplánovány budoucí aktivity a projekty.

Každé dva roky volí členové ze svých řad představenstvo, které sestává z pěti až patnácti osob. Představenstvo se setkává přibližně třikrát do roka za účelem vzájemně se informovat o probíhajících činnostech a o dalším strategickém rozvoje sítě Půdní aliance.