Jadrom siete Európskej pôdnej aliancie a jej základnými kameňmi sú jej členovia. V jednotlivých krajinách sú členovia koordinovaní skrz národné koordinačné stredisko. Európska kancelária celej organizácie sídli v nemeckom meste Osnabrück, odkiaľ koordinuje celú sieť Pôdnej aliancie na medzinárodnej úrovni.

Členovia Pôdnej aliancie sa stretávajú minimálne jedenkrát do roka na Valnom zhromaždení, ktoré sa koná vždy na inom mieste (behom výročného zasadania).

Behom jeho konania je predstavená správa o činnosti za uplynulý rok a naplánované budúce aktivity a projekty.

Každé dva roky volia členovia zo svojich radov predstavenstvo, ktoré pozostáva z piatich až pätnástich osôb. Predstavenstvo sa stretáva približne trikrát do roka za účelom vzájomne sa informovať o prebiehajúcich činnostiach a o ďalšom strategickom rozvoji siete Pôdnej aliancie.